As bolsas de Iniciação científica são provenientes de duas agências:
   a) CAPES: As bolsas de iniciação científica são disponibilizadas à USP e são distribuídos através de Edital no departamento cuja abertura é em Abril-Maio de cada ano.
   b) FAPESP: As bolsas de iniciação científica podem ser solicitadas diretamente pelo orientador e aluno na agência em qualquer período do ano.

    Entre os requisitos é que o estudante tenha um bom desempenho acadêmico (no caso da FAPESP é preferido que não tenha reprovações) e faça um plano de trabalho juntamente com o orientador.

    Também é possível realizar a Iniciação Científica sem bolsa no caso que o estudante tenha compromisso com as atividades previstas no plano de trabalho. Os temas a serem pesquisados estão relacionados às pesquisas de mestrado e doutorado (vide item Mestrado e Doutorado) com uma ênfase de estudo preliminar.